
Muzaffer Kılıç, Cumhuriyet'in ilanından sonra, baştan beri Mustafa Kemal'in yanındaki diğer subaylarla birlikte, terfi etti ve yüzbaşı oldu. Çankaya Köşkü'ndeki görevini aksatmadan, Ankara Hukuk Mektebi'ne girdi ve 1928'de mezun oldu. Kısa bir süre sonra da iş hayatına atıldı. Ticaretle uğraştı. Bir nebati yağ fabrikası kurdu. Bu arada İstanbul Şehir Meclisi üyeliğine seçildi ve uzun yıllar burada kaldı. Aynı zamanda Ankara Anonim Türk Sigorta Şirketi'nin yöneticiliğini üstlendi. 1939'da bir dönem Giresun milletvekilliği yaptı. 1959'da özel işlerini izlemek için Ankara'ya giden Muzaffer Kılıç Kızılay'da, sokakta geçirdiği bir kalp krizi sonunda öldü.